中國地震局黃土地震工程開放實(shí)驗(yàn)室執(zhí)行在甘肅省地震局和中國地震局蘭州地震研究所領(lǐng)導(dǎo)下的主任負(fù)責(zé)制。實(shí)驗(yàn)室的學(xué)術(shù)委員會是其學(xué)術(shù)指導(dǎo)機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)實(shí)驗(yàn)室的發(fā)展定位、結(jié)構(gòu)調(diào)整和開放基金審批等重大事項(xiàng)。

實(shí)驗(yàn)室在出臺《中國地震局黃土地震工程開放實(shí)驗(yàn)室運(yùn)行制度》的基礎(chǔ)上，細(xì)化了《試驗(yàn)工作管理規(guī)定》和《大型設(shè)備共享規(guī)定》等管理文件。依托實(shí)驗(yàn)室學(xué)術(shù)委員會，使實(shí)驗(yàn)室遠(yuǎn)景規(guī)劃與日常發(fā)展的保障更為有力。以實(shí)驗(yàn)室相關(guān)規(guī)章制度、依托單位人事制度與管理政策和主管部門的相關(guān)政策等為基礎(chǔ)，實(shí)驗(yàn)室針對固定科研人員每年度進(jìn)行了量化考核，針對其中存在的問題，提出了有效的應(yīng)對舉措。另外，對于流動人員，實(shí)驗(yàn)室采取了與固定人員相當(dāng)?shù)目己宿k法，按照有關(guān)規(guī)定對其依照既有約定執(zhí)行了解聘與聘用措施。在科研儀器設(shè)備管理與使用方面，以個人負(fù)責(zé)制為基礎(chǔ)，加強(qiáng)了日常維護(hù)與使用過程中的責(zé)任制度，確保了科研儀器設(shè)備的可靠運(yùn)轉(zhuǎn)，增強(qiáng)了儀器設(shè)備的利用效率。2011年，實(shí)驗(yàn)室設(shè)立了黃土地震工程開放實(shí)驗(yàn)室開放基金，計(jì)劃試行初期每年資助20萬用于支持黃土地震工程基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)和技術(shù)開發(fā)研究。